Há diferenças entre a estrutura do tráfico de drogas nas duas maiores cidades brasileiras. De acordo com Guaracy Mingardi, do Ilanud, cerca de 50 grupos controlam tudo no Rio de Janeiro, alguns contando com mais de 30 soldados, enquanto que em São Paulo a organização é mais pulverizada, com pequenas quadrilhas. O envolvimento ilegal da polícia com o tráfico é maior no Rio que em São Paulo.

A geografia também ajudou a determinar realidades diferentes. No Rio de Janeiro, há enclaves misturando bairros de classes média e alta com favelas, muitas em topografia mais alta, constituindo-se como fortalezas. São Paulo se organiza de uma forma quase medieval, com um centro rico e um entorno pobre.

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