Há duas situações para essa licença médica. Se for auxílio-doença, a empresa deposita o FGTS só dos primeiros 15 dias. Se for acidente do trabalho sim, a empresa terá que continuar a depositar o FGTS por todo o período de afastamento.
*Esta questão foi respondida por Suêko Uski, auditora fiscal do Ministério do Trabalho e Emprego em São Paulo