Descontar ou não no salário, vai depender da forma como foi causado o prejuízo. Se for acidental, o empregado não precisa pagar, mas se for comprovado intenção de causar o prejuízo o empregado deve arcar com o valor.

Por exemplo, se o empregado quebrar alguma máquina, por distração ou falta de cuidado, ele só irá pagar se no contrato de trabalho tiver uma cláusula a esse respeito.

*Esta questão foi extraída da Cartilha Trabalho Legal, do Ministério Público do Trabalho do Mato Grosso do Sul